Countdown to Extinction (1992–1993)
En Enero de 1992, Megadeth visitó los Enterprise Studios en Burbank, California con el co-productor Max Norman. Norman, quien realizo las mezclas en Rust in Peace, sería parte integral del éxito musical de Megadeth, empujando para crear canciones más cortas, menos complicadas y mas familiares con la radio. La banda pasó cuatro meses en el estudio con Norman, escribiendo y grabando lo que se convertiría en el mayor logro comercial de Megadeth, Countdown to Extinction. Fue el primer álbum en incluir contribuciones escritas por cada miembro de la banda, y fue nombrado por idea del baterista Nick Menza.
El 14 de Julio de 1992, Capitol Records lanzó Countdown to Extinction. El álbum se volvio instantaneamente un éxito, debutando como número #2 en el Billboard Top 200 en ventas de álbumes en los Estados Unidos, y #5 en el Reino Unido. Anclados por el éxito en Mainstream Rock, "Symphnoy of Destruction (#29), "Foreclosure of a Dream" (#30), y "Sweating Bullets" (#27), el álbum se volvio doble platino en los Estados Unidos, y recibió una nominación al Grammy por Mejor Interpretación de Metal en 1993. La canción con el título del álbum, "Countdown to Extinction", también le dio a Megadeth la distinción por ser la única banda de metal en ganar el "Premio de Música Doris Day", presentado a la banda por la Sociedad Humana de los Estados Unidos en 1993 por "destacar la destrucción de las especies y el horrorifico 'deporte' de la caza".
La banda lanzo su segundo video, Exposure of a Dream, en Noviembre de 1992. En un estilo parecido a Rusted Pieces, el video incluyó todos los videos musicales lanzados previamente de Countdow. Una gira mundial en apoyo del álbum fue iniciada en Diciembre de 1992 con Pantera y Suicidal Tendencies como actos de apoyo. La gira incluyó una parada en Norte América en Enero de 1993 con el acto de inicio de Stone Temple Pilots. Un més después, todos los shows restantes, incluyendo fechas en Japón, fueron cancelados cuando Mustaine regreso al abuso de sustancias, terminando en la sala de emergencias del Hospital. Después de siete semanas de rehabilitación, Mustaine emergió límpio nuevamente, y la banda regresó al estudio a grabar "Angry Again", una canción que fue incluída en el film de 1993 Last Action Hero (El último Héroe de Acción o El Último Gran Héroe en español), y más tarde fue nominada por un Grammy en 1994.
En 1993, Megadeth regresó a los escenarios, apareciendo como invitados especiales en el Festival Milton Keynes Bowl de Metallica, marcando la primera vez que los miembros de la banda original tocan en el mismo escenario desde hace más de 10 años. La pareja pidió que Mustaine en el escenario anunciara que "los 10 años de peleas acabarón entre Metallica y Megadeth", sin embargo los problemas reaparecerían más tarde entre las bandas rivales. En Julio, Megadeth fue añadido como acto de apertura para la gira de Aerosmith Get A Grip US, pero debido a disputas contractuales y por las remarcaciones hechas por Mustaine acerca de la avanzada edad de Aerosmith, Megadeth fue eliminado de la gira después de siete actuaciones.
Despupes de su gira cancelada por Estados Unidos, Megadeth regresó al estudio a grabar "99 Ways to Die", una canción que aparecio en The Beavis and Butt-Head Experience, un álbum recopilatorio lanzado en Noviembre de 1993 que incluyo comentarios entre cortes por Beavis y Butt-Head. La canción fue nominada más tarde por un Grammy en 1995 por Mejor Interpretación de Metal. En la misma sesión, Paranoid fue grabada para un álbum tributo de Black Sabbath. En Septiembre de 2012, Megadet tocará "Countdown to Extinction" de principio a fin, en vivo, por el aniversario de 20 años.